財團法人九二一震災重建基金會成立初期，並不接受民間團體或地方各級政府直接提案。所有補助計畫都必須依循政府層級，由地方層轉中央部會，經中央部會彙整後再提出，然後經財團法人九二一震災重建基金會「計畫審議委員會」審議後，提報董監事聯席會審查核定。這種不接受民間團體與地方政府直接提案的作法，以及層轉提案的耗時流程，招致外界許多批評。當時，由中央研究院李遠哲院長出面籌組並擔任團長的「災後重建民間諮詢團」即向財團法人九二一震災重建基金會建議「由九二一震災重建基金會匡列經費與縣(市)政府提撥相對等款項，成立重建專款，俾該團充分協助，作好重建工作」。李遠哲院長的建議，獲得災區縣(市)長的認同，惟對於「相對等配合」的部分，改為「由本會撥出專款，交由縣市政府運用」。爰此建議，於民國89年1月31日經第一屆第二次臨時董監事聯席會核定「預撥地方特殊性及急迫性計畫補助專款」，提撥11億5000萬元供災區縣(市)政府

九二一震災重建基金會成立初期，不僅不接受民間團體或地方各級政府直接提案，更是要求所有補助計畫必須依循政府層級，由地方層轉中央部會彙整，送由「計畫審議委員會」審議後，在提報董監事聯席會審查核定。這種拒絕接受民間團體與地方政府直接提案的原則，以及層轉提案的耗時流程，招致外界許多批評。民國89年6月19日九二一震災重建基金會局部改組，除以「用熱情參與重建、以誠意喚回愛心」自我要求外，並化被動為主動地推出「築巢專案」作為投入災後重建的主軸。為兼顧其他面向的需求，落實九二一震災重建基金會「來自民間、支助民間、協助政府」的精神，回應各界要求九二一震災重建基金會開放民間團體質接提案申請經費補助的期待，先經民國89年12月20日第一屆第六次董監事聯席會核定通過「九二一災後生活與社區重建123協力專案」，匡列1億2千3百萬元經費，補助民間團體與地方政府協力參與災後重建。再於民國90年8月31日經第一屆第十次

九二一震災後，為了讓各級政府所研擬的重建計畫均有原則可資遵循，由行政院經濟建設委員會訂定「災後重建計畫工作綱領」，並報經民國88年11月9日行政院九二一災後重建推動委員會第八次委員會通過，成為當時各級政府推動災後重建的工作綱領。內政部營建署所提「補助災區辦理社區重建調查規劃計畫」，九二一震災重建基金會經民國88年12月17日第一屆第二次董監事聯席會核定補助665600000元。

九二一震災後，為了讓各級政府所研擬的重建計畫均有原則可資遵循，由行政院經濟建設委員會訂定「災後重建計畫工作綱領」，並報經民國88年11月9日行政院九二一災後重建推動委員會第八次委員會通過，成為當時各級政府推動災後重建的工作綱領。行政院農業委員會水土保持局所提「補助農村聚落重建調查規劃費用計畫」，經民國88年12月17日第一屆第二次董監事聯席會核定補助88500000元，包括規劃團隊的規劃費用、縣及鄉(鎮、市)公所協助辦理本計畫相關業務的行政費用、農村聚落重建推動委員會的行政費用、農村聚落重建審議小組的審查費用與農村住宅圖集設計費。

九二一震災後，為了讓各級政府所研擬的重建計畫均有原則可資遵循，由行政院經濟建設委員會訂定「災後重建計畫工作綱領」，並報經民國88年11月9日行政院九二一災後重建推動委員會第八次委員會通過，成為當時各級政府推動災後重建的工作綱領。行政院原住民族委員會所提「補助原住民聚落重建調查規畫費用計畫」，九二一震災重建基金會經民國88年12月17日第一屆第二次董監事聯席會核定補助20944000元。

九二一震災後，山區土石鬆動，重建區內道路於雨季期間常因土石坍塌而中斷。事發後的搶修工作，常因地方政府經費不足，導致中斷的道路未能及時搶通，不僅造成重建區內民眾交通上的不便利，也連帶影響外界進出重建區的意願。為了讓基層地方政府能在雨季期間保有高度的機動性，可以第一時間解除因土石坍塌而造成的道路中斷危機，經九二一震災重建基金會核定「九二一震災重建區山區道路坍塌土石清除機具補助專案」，補助縣(市)政府及鄉(鎮、市)公所採購搶通土石坍塌道路的機具設備，經費以不超過2億元為原則。

民國90年7月30日零時10分，桃芝颱風在花蓮縣秀姑巒溪口附近登陸，所帶來的強風豪雨，曾讓經歷九二一震災重創的南投、台中、苗栗、嘉義等重建區與花蓮縣光復鄉，在一夕之間傳出重大災情。九二一震災重建基金會執行長除於7月31日與南投辦公室同仁前往竹山、鹿谷與水里勘災外，並緊急於8月1日透過傳真方式書面徵詢董監事同意協助九二一震災重建區辦理桃芝風災後的搶通、搶險、救助與安置事宜。對於重創的公共設施(橋梁)，則擬採取認養方式協助縣(市)政府辦理復建。8月15日，「中華民國嘉邑行善團」檢具南投縣政府請求該團協助橋梁復建的函件，函請本會撥款補助該團協助南投縣重建道路、橋梁。為因應重建區桃芝風災災後重建的殷切需求，於民國90年8月31日經第一屆第十次董監事聯席會同意匡列6億元，成立「九二一震災重建區辦理災後橋梁復建工程補助專案」，與「中華民國嘉邑行善團」合作認養九二一重建區災後橋梁復建工程。「九二一震災重

九二一震災中，民間救難團隊積極投入，奮不顧身救災的畫面，讓國人印象深刻。過程中，相對於美日國家救難團隊的優良與先進裝備，國內救難團隊救災裝備器材老舊與不足的問題，也曾引起討論。這些問題隨著整體環境的不景氣，日趨嚴重。以內政部消防署於民國90年5月26日及6月2日所召開的「全國民間團體聯繫會報」為例，與會團體所提出的最大問題，就是「救災裝備器材不足」。適時添購充實裝備器材，增強救災能力，自然就成為與會民間團體的共同期待。基於民間救難團隊的需求，九二一震災重建基金會(本會)於民國90年8月31日經第一屆第十次董監事聯席會核定通過「補助民間救難團隊裝備器材專案」，匡列1億元，補助九二一震災重建區中優良的民間救難團隊添購裝備器材，以增強救災能力，嘉惠全民。

九二一震災中震損拆除重建的十八個鄉(鎮、市、區)公所預計將於民國92年底全部完工，部分已完工或即將完工的公所辦公廳舍卻陸續傳出工程與設備經費不足問題，在媒體一再報導下，確實影響社會大眾對災後重建的評價。在鄉(鎮、市、區)公所多次反應且衡量整體重建印象下，經民國92年7月18日第二屆第二次董監事聯席會核定通過「九二一重建區鄉(鎮、市、區)公所辦公廳舍災後重建工程與設備補助計畫」，匡列1億元經費，補助重建區鄉(鎮、市、區)公所辦公廳舍災後重建工程與設備不足的部分。「九二一重建區鄉(鎮、市、區)公所辦公廳舍災後重建工程與設備補助計畫」於需求調查後，再經92年10月2日第二屆第三次董監事聯席會同意增加匡列5000萬元，總匡列經費1億5000萬元，使用經費138344536元。鄉(鎮、市、區)公所申請與實際補助金額如內文表一。「九二一重建區鄉(鎮、市、區)公所辦公廳舍災後重建工程與設備補助計畫」實施

本方案委請財團法人都市更新研究發展基金會，為地方政府人員、專業者與住戶代表開辦講習與說明課程，同步提升三者間對更新重建的認識與能力。協助集合式住宅(社區)聘請專業者所組成的服務團隊，並補助服務團隊協助辦理更新重建所需的服務費用。補助集合式住宅(社區)組織都市更新團體所需的行政費用。每月舉辦更新重建經驗交流座談會。補助對象：1.集合式住宅住戶為實施更新重建，而依「都市更新條例」第15條規定所組織的都市更新團體(更新會)。2.協助與輔導集合式住宅住戶與更新團隊辦理更新重建業務的專業者或專業服務團隊。3.協助辦理講習會與經驗交流會的財團法人都市更新研究發展基金會。

補助對象與補助內容：本方案以九二一震災全倒(或半倒已自行拆除)集合住宅，且該建築基地範圍業經劃定為都市更新單元者為限。非集合住宅而採取更新方式重建者，其建築基地範圍須經劃定為都市更新單元，且劃定範圍內九二一震災自有住宅全倒之受災戶數者必須佔50%以上。1.集合住宅(社區)更新會：以受災集合住宅(社區)住戶為實施更新重建而依「都市更新條例」第15條規定所組織之更新團體(更新會)為對象，補助其協調住戶重建意願與辦理更新重建相關事務所需之行政費用。2.專業者或專業團隊:以協助集合住宅(社區)更新會辦理更新重建業務，且與該更新會簽訂委託合約書之專業者或專業團隊為對象，補助其協助成立更新會、擬訂更新事業計劃與權利變換計畫所需之服務費用。行政費用與服務費用之補助，每一個更新單元以一次為限。

修繕補強計畫就相當於醫師的處方單，好的修繕補強計畫書不僅確保修復後的住宅安全，也可以降低修繕補強的費用。九二一震災重建基金會幫助受損大樓住戶找尋好的醫師，開出好的處方!基金會協助受損集合式住宅擬定修繕補強計畫書方案，重點如下：1.委請台灣營建研究院對有修繕補強意願的受損集合式住宅進行初勘，並公告個案受損狀況，公開受理專業單位提案。2.委請台灣營建研究院籌組遴選小組與審查小組甄選專業單位與審核修繕補強計畫書。3.補助受損集合式住宅住戶委託專業單位研擬修繕補強計畫書所需的服務費用。4.協助受損集合式住宅住戶籌組修繕補強推動委員會，並補助其協調住戶意見所需的行政費用。惟修繕補強所需的費用不在本方案的補助範圍。